Utilisation de source

Le répertoire /softs/environments contient l'ensemble des fichiers que vous pouvez sourcer pour compiler vos codes suivant les compilateurs et le mécanisme MPI que vous souhaitez utiliser :

[user@cicada1 ~]$ ls -l /softs/environments/
total 20
-rw-r--r-- 1 root root 150 Sep 27 22:04 env_intel-12.1.csh
-rw-r--r-- 1 root root 146 Sep 27 22:03 env_intel-12.1.sh
-rw-r--r-- 1 root root 150 Sep 27 22:05 env_intelmpi-4.0.sh
-rw-r--r-- 1 root root 346 Sep 27 22:09 env_openmpi-1.6.2_intel-12.1.csh
-rw-r--r-- 1 root root 230 Sep 27 22:08 env_openmpi-1.6.2_intel-12.1.sh

Vous devez utiliser la commande source pour changer vos variables d'environnement :

[user@cicada1 ~]$ source /softs/environments/env_intel-12.1.sh

Par exemple, vous voulez utiliser les compilateurs Intel installé sur le cluster et votre shell est bash (par défaut) :

[user@cicada2 ~]$ source /softs/environments/env_intel-12.1.sh

Pour vérifier :

[user@cicada2 ~]$ which icc
/usr/bin/which: no icc in (/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/lpp/mmfs/bin:/home/user/bin)
[user@cicada2 ~]$ source /softs/environments/env_intel-12.1.sh
[user@cicada2 ~]$ which icc
/softs/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/intel64/icc

Explication des fichiers :

  • /softs/environments/env_intel-12.1.* : permet de charger les compilateurs et les librairies Intel
  • /softs/environments/env_intelmpi-4.0.sh : permet de charger l'environnement parallèle IntelMPI d'Intel compilé avec les compilateurs Intel
  • /softs/environments/env_openmpi-1.6.2_intel-12.1.* : permet de charger l'environnement parallèle OpenMPI compilé avec les compilateurs Intel

 

Utilisation de module

Pour des raisons de praticité, nous préconisons l'utilisation de la command module.

Pour plus de renseignements :

Cette commande permet de modifier de manière dynamique vos variables d'environnement (essentiellement PATH, LD_LIBRARY_PATH ou encore MAN_PATH) en fonction du module que vous chargé.

Les commandes à connaitre pour les modules

Liste des modules installés : module avail

[user@node070 ~](3305-->119mn)$ module avail

------------------------------------------------------------------------ /usr/share/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------------------------
dot         module-cvs  module-info modules     null        use.own

------------------------------------------------------------------------------- /etc/modulefiles --------------------------------------------------------------------------------
cmake/2.8.9         intel/12.1          intelmpi/4.0        openmpi/1.4.3       openmpi/1.6.2       openmpi/intel/1.6.2

Liste des modules chargés : module list

[user@node070 ~](3305-->118mn)$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
  1) cmake/2.8.9

Pour charger un module : module load <nom_du_module>

[user@node070 ~](3305-->118mn)$ module load cmake/2.8.9

Pour décharger un module : module unload <nom_du_module>

[user@node070 ~](3305-->116mn)$ module unload cmake/2.8.9

Pour purger l'ensemble des modules chargés : module purge

[user@node070 ~](3305-->115mn)$ module purge

Pour avoir l'aide de la commande module : module --help

La nomenclature des modules se fait de la manière suivante <nom du paquet>/<version du paquet>, par exemple le module intelmpi/4.0 est la version 4.0 du mpi d'Intel.

 

Adresse

Université de Nice Sophia-Antipolis
D.S.I.
28 Avenue de Valrose
B.P. 2135
06103 NICE Cedex 02